Tugas 1 Mata Kuliah Statistika Deskriptif

Judul Jurnal : Assessing the suitability of summary data for two-sample Mendelian randomization analyses using MR-Egger regression: the role of the I2 statistic.

Penulis Jurnal : Jack Bowden, Fabiola Del Greco M., Cosetta Minelli, George Davey Smith, Nuala A. Sheehan, and John R. Thompson.

Nama Jurnal : International Journal of Epidemiology.

Volume dan Jumlah Halaman : 1-14 halaman.

Tahun Terbit : 2016.

Penerbit :  Oxford University Press on behalf of the International Epidemiological Association.

Laman : https://www.semanticscholar.org/reader/58c7721e9efaa50b385f51541c620b79c5a2d

Tanggal dan waktu akses : Jum'at, 23 Februari 2024 (09.45)

Dalam jurnal ini, para peneliti menyelidiki penggunaan regresi MR-Egger dalam analisis pengacakan Mendel (MR) menggunakan perkiraan data ringkasan efek sebab akibat dari beberapa varian individu. Mereka menekankan ketahanan MR-Egger terhadap instrumen yang tidak valid, kemampuannya menguji pleiotropi terarah, dan peran statistik I² dalam mengukur kekuatan pelanggaran NOME untuk MR-Egger. Jurnal ini mencatat bahwa asumsi NOME mempengaruhi perkiraan efek sebab akibat dari pendekatan IVW, dan statistik I²GX yang diusulkan bertujuan untuk mengukur kekuatan pelanggaran NOME untuk MR-Egger. Studi ini juga mengevaluasi kegunaan gabungan dari metode ini menggunakan data simulasi dan contoh MR nyata terkait dengan efek kausal lipoprotein densitas rendah terhadap risiko penyakit jantung. Hasil penelitian menunjukkan bahwa estimasi efek kausal MR-Egger bias ke arah nol ketika NOME dilanggar. Jurnal ini menjelaskan bahwa besarnya pelanggaran asumsi NOME diukur dengan statistik IGX, dengan nilai IGX yang lebih rendah menunjukkan pengenceran estimasi kausal MR-Egger yang lebih kuat. Ekstrapolasi simulasi diusulkan sebagai metode untuk mengatasi pengenceran ini, dan kegunaannya dievaluasi menggunakan data simulasi. Studi ini juga memberikan contoh penerapan metode ini untuk memperkirakan efek kausal lipoprotein densitas rendah terhadap risiko penyakit jantung. Ditekankan bahwa regresi MR-Egger tidak dirancang untuk menggantikan pendekatan standar sebagai analisis utama, namun lebih berfungsi sebagai analisis sensitivitas yang penting untuk menyelidiki apakah asumsi IV telah dilanggar secara berarti. Jurnal ini menyimpulkan bahwa penilaian asumsi NOME melalui statistik IGX harus dilakukan dengan hati-hati sebelum menerapkan regresi MR-Egger standar, dan metode penyesuaian harus dipertimbangkan ketika IGX cukup rendah, yang menunjukkan potensi bias dalam estimasi efek sebab akibat MR-Egger. 

Kelebihan : Dalam jurnal ini untuk menyederhanakan model penghasil data MR dua sampel dalam beberapa cara. Pertama, data disimulasikan berdasarkan asumsi InSIDE, sehingga kita dapat yakin MR-Egger akan mengembalikan estimasi yang tidak bias ketika NOME terpenuhi.  Kedua, menghasilkan ringkasan estimasi asosiasi paparan SNP dan hasil SNP dari distribusi normal independen dengan varians yang diketahui, daripada mensimulasikan data peserta individu secara langsung, untuk analisis MR dua sampel yang diidealkan. Hal ini menghilangkan dua masalah lebih lanjut yaitu bias non-collapsibility dan ascertainment yang sering ditemui dalam praktik ketika hasilnya biner dan data kasus-kontrol digunakan untuk memperkirakan rasio log-odds untuk asosiasi hasil SNP. 

Kekurangan : Para penulis mengakui keterbatasan penelitian ini dan menyoroti perlunya penelitian lebih lanjut untuk menilai dampak pelanggaran NOME dalam konteks MR.

In this journal, researchers investigate the use of MR-Egger regression in Mendelian randomization (MR) analysis using summary data estimates of the causal effects of multiple individual variants. They emphasize MR-Egger's robustness to invalid instruments, its ability to test for directional pleiotropy, and the role of the I² statistic in measuring the strength of NOME violations for MR-Egger. The journal notes that the NOME assumption affects the causal effect estimates of the IVW approach, and the proposed I²GX statistic aims to quantify the strength of NOME violation for the MR-Egger. This study also evaluated the combined utility of these methods using simulated data and real MR examples related to the causal effect of low-density lipoprotein on heart disease risk. The results show that the MR-Egger causal effect estimates are biased toward zero when the NOME is violated. The journal explains that the magnitude of the violation of the NOME assumption is measured by the IGX statistic, with lower IGX values indicating a stronger dilution of the MR-Egger causal estimate. Simulation extrapolation is proposed as a method to address this dilution, and its usefulness is evaluated using simulated data. This study also provides an example of applying this method to estimate the causal effect of low-density lipoprotein on heart disease risk. It is emphasized that MR-Egger regression is not designed to replace the standard approach as the primary analysis, but rather serves as an important sensitivity analysis to investigate whether the IV assumption has been meaningfully violated. The journal concluded that assessment of the NOME assumption through IGX statistics should be done carefully before applying standard MR-Egger regression, and adjustment methods should be considered when IGX is quite low, indicating potential bias in the estimation of MR-Egger causal effects. In this paper, to simplify the two-sample MR data generating model in several ways. 

Excess  : First, the data are simulated under the InSIDE assumption, so we can be confident that MR-Egger will return unbiased estimates when the NOME is satisfied.  Second, it generates summary SNP exposure and SNP outcome association estimates from an independent normal distribution with known variance, rather than simulating individual participant data directly, for idealized two-sample MR analysis. This eliminates two further issues of non-collapsibility and ascertainment bias often encountered in practice when outcomes are binary and case-control data are used to estimate log-odds ratios for SNP-outcome associations. 

Shortage : The authors acknowledge the limitations of this study and highlight the need for further research to assess the impact of NOME violations in the context of MR.

Nama : Windy Rahmaningsih

NPM : 20323017

Kelas : C1.23


@digitechuniversity.official

@ti.digitech

@himti.digitechuniversity

@wndyyrhmm

Komentar

Posting Komentar

Postingan populer dari blog ini

Penerapan Limit dalam bidang Industri

Gambar
Nama : Windy Rahmaningsih Kelas : C1.23  NPM : 20323017 Kalkulus  dapat memecahkan  masalah  yang  tidak  dapat  dipecahkan  oleh cabang  ilmu  matematika  yang lain. Salah  satu  yang  dipelajari  dalam  kalkulus  adalah  limit.  Konsep  dari  limit  fungsi  ini  adalah  suatu  fungsi  hanya  mendekati  nilai tertentu,  tetapi  tidak  tepat  berada  pada  nilai  tersebut. Limit fungsi merupakan induk dari kalkulus yang memiliki konsep suatu fungsi hanya  mendekati  nilai  tertentu,  tetapi  tidak  benar-benar  berada  pada  nilai  tersebut. Konsep  ini  banyak  digunakan  dalam  berbagai  bidang  kehidupan,  yaitu  pada  bidang teknik, ilmu pengetahuan, kesehatan, dan kehidupan bermasyarakat .Pada bidang tekn...
Baca selengkapnya

Definisi Diferensial (Tugas 2 Mandiri Mata Kuliah Kalkulus)

Gambar
Kalkulus diferensial adalah cabang kalkulus yang fokus pada konsep turunan dan aplikasinya. Ini melibatkan pemahaman tentang perubahan dan laju perubahan dalam fungsi matematika. Diferensial dalam matematika merujuk pada konsep yang terkait dengan turunan suatu fungsi.   Diferensial dalam matematika mengacu pada konsep turunan yang saling berhubungan dan berasal dari awal perkembangan ilmu kalkulus.  Fungsi                    Turunan f(x)                         f'(x)  Berikut merupakan 6 rumus dasar diferensial. Contoh soal dari masing-masing rumus. 1. Contoh soal rumus no.1 sebagai berikut.      y = 2     jawab: y'= 0 2. Contoh soal rumus no.2 sebagai berikut      y = 2x     jawab: y' = 2 3. Contoh soal rumus pengerjaan no.3 sebagai berikut.      y = 3x 4 + 2x 2 – 5x jawab: y = a...
Baca selengkapnya

Sejarah dan Perkembangan Ergonomi

  Ergonomi secara etimologi berasal dari Bahasa Yunani yaitu ergon dan nomos. Ergon memiliki arti kerja (work), sedangkan nomos berarti aturan, hukum. Ergonomi berarti hukum kerja karena berasal dari kata ‘kerja’ dan ‘hukum alam’ (natural laws). Istilah ergonomi sendiri berkembang dengan istilah human engineering atau human factors . Human Engineering digunakan untuk mendeskripsikan rancangan yang tepat, diharapkan manusia dapat menggunakan hasil rancangan yang efektif tanpa mendapatakan tekanan (Sander S Mark S & McCormick Ernest, 1993). Ergonomi adalah disiplin ilmu yang mempelajari bagaimana membuat tempat kerja dan pekerjaan yang disesuaikan dengan kemampuan dan keterbatasan psikologis dan tubuh manusia. Dalam beberapa literatur, bidang ini sering disebut dengan nama " human factor" atau "faktor manusia". Definisi ergonomi dan human factor sama, yaitu mempelajari sifat manusia berdasarkan kelebihan dan keterbatasannya secara fisik dan psikologis. Kedua...
Baca selengkapnya